Villa San Marco si trova nel pieno centro della Valle dei Templi, e immediatamente di fronte al costone sul quale corre la Via Sacra e dove sono situati i Templi più significativi; chi volgerà lo sguardo verso sud non potrà non rimanere affascinato dalla visione dei Templi di Ercole, della Concordia e di Giunone, disposti in magnifica sequenza e sullo sfondo del mare d’Africa; la sera, poi, quando illuminati, i Templi spiccheranno nel buio della notte e lasceranno senza parole il più disincantato degli spettatori.
La Villa, pur incastonata nella Valle di Templi, e perciò vicinissima anche al Quartiere ellenistico-romano, alla Chiesa di San Nicola, al Museo Archeologico, e non lontana da tutti gli altri Monumenti da visitare e dalla Città, per la posizione che occupa, è ben lontana dal chiasso e dal disordine che necessariamente provoca la gran quantità di turisti in visita, né è minimamente disturbata dal rumore delle automobili e dei pullman. Immersa in una campagna tipicamente siciliana, nella quale fanno bella mostra i mandorli e gli ulivi, perfettamente inserita nella zona archeologica, vicinissima al centro della Città favorisce le escursioni turistiche e, al contempo, garantisce un soggiorno di assoluto relax.